El Club Deportivo San Roque se fundó en 1969 bajo la presidencia de don Luis Pérez Silva , jugando con un equipo de aficionados el primer campeonato de Liga y Copa organizado por la Delegación de Asociaciones de Cabezas de Familia, quedando segundo clasificado de la Liga y campeón de la Copa.
El 15 de Diciembre de 1969 se celebró Junta Directiva y en el segundo punto del orden del día se proponía crear un equipo Juvenil, lo que quedó aprobado por unanimidad.
En la Junta Directiva del 31 de enero de 1970, se acordó la creación de dos equipos infantiles, pues se había hecho una campaña para crear un equipo infantil y se presentaron cuarenta chavales, y no quiso el Club desprenderse de ninguno de ellos. Por esas fechas el Club organizó un Campeonato Infantil donde participaron los dos equipos. La equipación era toda azul, pero el equipo B llevaba una franja blanca en el pecho para diferenciarlo del A. Estas equipaciones se las compraron los padres, pues el Club no tenía recursos ni para comprar balones.
En las temporadas 1970-71, 71-72 y 72-73 el equipo Aficionado jugó la Liga de Hermandades del Trabajo, quedando Campeones de Liga y subcampeones de Copa en todas ellas, además en 1973 se conquistó el trofeo denominado "XXV Aniversario de Hermandades del Trabajo".
El 12 de junio de 1973 se aprueban los Estatutos de la Asociación, siendo inscritos en el Registro Provincial de Asociaciones el 13 de junio de 1976. En agosto de 1973 el Club se inscribió en la Federación Castellana de Fútbol (posteriormente denominada Federación Madrileña de Fútbol y, actualmente Federación de Fútbol de Madrid) participando en los campeonatos de Liga ininterrumpidamente hasta la fecha.
En la Junta Directiva del 5 de julio de 1974 se acordó crear el Trofeo San Roque y los días 15 y 18 de agosto de ese mismo año se celebró el "I TROFEO SAN ROQUE" donde el Club quedó Campeón.
El Club disputaba sus encuentros en el campo de Nuestra Señora de la Soledad de Barajas y en junio de 1992 la Junta Municipal remodela el antiguo campo de fútbol existente en El Ventorro, pasando así a utilizar dicha instalación denominada Municipal San Roque.
En la temporada 1992-93, bajo la presidencia de Basilio Ruiz , la Escuela de Formación de Futbolistas se pone en marcha, y la componen 3 equipos (Cadete, Infantil y Alevín, que junto con el Juvenil y el Aficionado hacen un total de 5 equipos) contando en la directiva del Club con la desinteresada colaboración de Jorge Mendoza , prestigioso ex profesional de fútbol de la élite internacional y antiguo jugador del Club Atlético de Madrid y del Fútbol Club Barcelona entre otros equipos españoles y extranjeros. El señor Mendoza se hace cargo de la dirección técnica y como máximo responsable de la misma pone las bases por las que se rige actualmente.
De septiebre de 1993 hasta junio de 1998 se hace cargo de la dirección técnica de la escuela Juanjo Arroyo , persona vinculada al Club desde 1980, primero como jugador de la primera plantilla (11 años) para posteriormente hacerse cargo del Juvenil "A" con el que ascendió en tres años de la Tercera a la Primera categoría.
En junio de 1995 se hace cargo de la Presidencia del Club Aurelio Quesada , que permanece en el cargo hasta junio de 1999, ya que una vez cumplido el ciclo de 4 años por los que fue elegido no se presenta a la reelección y le sustituye Antonio Villalba que era Vicepresidente Primero.
La temporada 1996-97 fue una de las mejores en cuanto a resultados de la escuela, ya que el equipo Benjamín quedó Campeón de Liga sin perder ni empatar un solo partido, el equipo Alevín quedó clasificado en Segundo lugar y consiguió el ascenso a preferente (máxima categorÏa), siendo el único equipo del Club que hasta ahora lo ha conseguido, y el equipo infantil también estubo a punto de conseguir el ascenso a Primera (quedó en Cuarta posición) aunque lo lograría en la siguiente temporada 97-98.
En septiembre de 1998 se nombre director técnico de la escuela a Lorenzo Calleja , persona muy conocida en el fútbol madrileño, primero como jugador de diferentes equipos (entre ellos el Real Madrid) y porteriormente entrenador de equipos como el C.D.D Moscardó, AAVV Santa Ana, CD Pegaso, entre otros, dejando su puesto en abril de 2000, para hacerse cargo como entrenador del A.D Colmenar Viejo (Tercera División) por lo que se hace cargo de la Dirección Técnica nuevamente Juanjo Arroyo.
En enero de 1999 la Junta Municipal de Barajas expropia los terrenos donde se ubicaba el campo de fútbol (Travesía del Ventorro s/n) y construye en la zona llamada "Los Coronales" (calle Bahía de Málaga nº3) el actual campo donde el C.D San Roque E.F.F disputa, desde entonces, sus encuentros.
En junio de 2000, Antonio Villalba presenta su dimisión como presidente del Club por motivos laborales y le sustituye en el cargo José Luis Sánchez y sigue actualmente en él.
La temporada 2001/2002 fue histórica para el club ya que por priera vez en 33 años , el equipo aficionado consiguió el Ascenso a Primera regional con Javier criado como entrenador y gracias al magnífico gol que marcó Sevi (David Sevillano) en los agónicos minutos de descuento frente a la E.F San Pascual para poner el 3-2 definitivo en el marcador. El equipo Benjamín, por su parte, quedó campeón de liga sin perder ningún partido, y el resto de equipos hiceron una buena campaña en líneas generales a excepción del equipo Infantil que descendió de categoría.
Temporada 2002-2003, Luis Ranera entra en la historia del Club al marcar el primer gol en Primera regional del C.D San Roque E.F.F. Fue el 15 de septiembre de 2002 en el primer partido de Liga frente al C.F Rayo 70 "A" al que se le ganó por 3-2. Otra temporada muy buena ya que el equipo Cadete consiguió el ascenso a Primera y el Alevín a Preferente y, gracias a la reestructuración de diferentes categorías, el equipo Infantil regresaría a Primera. El equipo Aficionado realizó una excelente campaña en su primer añ en Primera quedando en Sexta posición, siendo el mejor equipo del distrito por encima del C.D Barajas al que se venció en la última jornada liguera por 0-2 en su campo y se le adelantó en la clasificación.
La temporada 2003-2004 fue otro buen año deportivamente hablando ya que, a la buena clasificación de la mayoría de los equipos (a excepción del equipo cadete que descendió de categoria) hay que sumarle un gran año del equipo Alevín que quedó Campeón de Liga ascendiendo a Autonómica que es la máxima categoría. El equipo Aficionado se consolidó en Primera Regional completando una buena temporada, quedando finalmente quinto clasificado. Se amplía la nueva Directiva con 5 vocales (Antonio Villalba, Jesús Herránz, Felipe Sánchez, José Buitrago, Ricardo Benavente) y por el contrario, Juanjo Arroyo, después de 24 años, abandona el Club y le sustituye, como Director Técnico, Ángel Martín Riolobos, conocido futbolísticamente como Angelín.
Temporada 2004-2005, estuvo cerca de convertirse en el año del ascenso a Preferente del equipo Aficionado de haberse mantenido los últimos 5 partidos la misma trayectoria seguida durante el resto de la temporada. El Benjamín nos dió el título de Liga tras un año impecable. El equipo Alevín no pudo mantener la categoría conseguida el año anterior.
Temporada 2005/2006 fue el peor año desde la fundación del Club. Se produce la trágica pérdida de dos personas muy queridas dentro del Club, Miguel Rey y Jesús Herranz . A lo deportivo se le suma el descenso del primer equipo a Segunda Regional y del Alevín a Primera Alevín. El lado positivo lo pone el Cadete que consigue volver a la categoría que años atrás perdió: Primera Cadete.
Temporada 2006/2007 se produce un cambio en las instalaciones del club, ya que de tierra pasamos a hierba artificial, gradas y acondicionamientos. El primer resultado oficial es de 7-3 de la categoría Alevín, y el primer gol obra de Alberto Diéguez. En la parte directiva, se nombra como nuevo Director Deportivo a José Luis Sánchez Vera , que ya en la temporada anterior había ejercido con este cargo pero solo a nivel de la escuela. Desde este momento es el máximo responsable deportivo del Club.
Temporada 2007/2008 se forman los equipos Prebenjamines A y B, y se incorpora también un Benjamín B. Se celebra durante los días 21, 22 y 23 de Diciembre el II Memorial Miguel Rey Moreno, este año con la participación de los 9 equipos del club, y con la presencia de los equipos Getafe C.F, C.D Coslada y Selección Madrileña de Veteranos. El memorial resulta un éxito, con masiva afluencia de público y momentos inolvidables. En lo deportivo el equipo Juvenil Asciende a categoría Preferente tras una temporada fantástica.
Temporada 2008/2009 vuelve a la dirección deportiva Lorenzo Calleja , el cual se hará cargo de la parcela deportiva y del Primer equipo del Club. En lo deportivo se celebra el "III Memorial Miguel Rey Moreno" con la participación del Club Atlético de Madrid y Club Deportivo San Fernando. Se consigue el ascenso del Primer Equipo a Primera Regional, y se logra por primera vez el título de Campeones de Liga del equipo Prebenjamín A, entrenado por Ángel Sánchez y Alejandro Motino . El lado negativo lo pone el Cadete con su descenso a Segunda.
